El domingo día 18 de octubre de 2015 tuvo lugar el concierto inaugural de la restauración del órgano de la iglesia del Juramento de San Rafael. La interpretación corrió a cargo de D. Francisco Javier López García, organista titular de la Catedral del Salvador de Ávila, quien ofreció una serie de piezas de diferentes autores, como Tomás Luis de Victoria, Antonio de Cabezón, Antonio Soler, Hilarión Eslava, Eduardo Torres, entre otros. La primera parte estuvo dedicada  a la música contemporánea de Santa Teresa de Jesús, como homenaje al cierre de su centenario, mientras que la segunda trató de presentar piezas apropiadas para experimentar con los diversos registros y posibilidades del instrumento. Asistió numeroso público, que felicitó a los promotores y al organista por la recuperación de este órgano excepcional.

El órgano de San Rafael, diseñado por Antonio Pilat en 1845 y terminado en 1848, tiene configuración de órgano barroco, a pesar de la fecha de construcción. Muy deteriorado en su estructura a causa del paso del tiempo, el Cabildo Catedral, encargado del mantenimiento de esta iglesia, aceptó la propuesta de D. Antonio Murillo Torralbo, canónigo chantre y maestro de capilla, para emprender la restauración del histórico instrumento, con el apoyo del arcediano y rector de San Rafael, D. Fernando Cruz-Conde.

Los trabajos han corrido a cargo del organista titular de la Catedral de Córdoba, Clemente Mata Ruiz y del organero Juan Manuel Rico Vioque, que han realizado una labor completa de reparación de la caja y de los distintos juegos de tubos, tanto del gran órgano, como de los flautados y trompetas, quedando para posterior ocasión únicamente el arreglo de la cadereta. La restauración de la pintura de fachada del mueble se ha realizado por los hermanos Castillo. Córdoba recupera así uno de sus órganos más emblemáticos, que enriquecerá el culto en el hermoso templo del Custodio de la Ciudad, dotado por otra parte de excelente acústica.